Прошу прощения за столь поздний ответ, подписка на тему не активизировалась, я не получил письмо об ответе. Проблема к сожалению не решилась. После удаления данной папки, и повторное использование настроек автозагрузки через программы, они стали отображаться в Reg Organizer, но удаление их, вернуло все как было...
Но обнаружил вот что. Скайп запустился 2 раза

И проверка на программе QIP показала такой же баг с двойной загрузкой. Т.е. я включил автозагрузку QIP, потом использовал функцию отложенной загрузки и QIP запустился 2 раза. После удаления его из автозапуска через Reg Organizer, он все равно запустился и отключил я его через саму программу.
Получается какое-то дублирование реестра (или каких-то его веток отвечающих за автозапуск). И кажется я понял, что началось это после использования мною "восстановления последней удачной конфигурации" windows, после неудачно установленных драйверов.